Arxiu Notícies

Tesi doctoral presentada pel Sr. Rodrigo Casasnovas

(Contenido en el idioma por defecto)

El Sr Rodrigo Casanovas Perera, sota la direcció dels Dr. Francisco Muñoz i Dr. Juan Frau, presentarà la seva tesi doctoral titulada "Theoretical studies on pyridoxal 5'-phosphate-catalyzed reactions of biological relevance" el passat 18 de febrer del 2014 a les 9.30h a la sala d'actes de Cas Jai de la UIB.

 Resum de la Tesi doctoral

 El piridoxal fosfat ( PLP ) és cofactor de més d'un centenar d'enzims que catalitzen reaccions sobre aminoàcids com racemitzacions, transaminacions o descarboxilacions entre d'altres. Després de la formació d'una base de Schiff entre el PLP i l'aminoàcid substrat, les reaccions esmentades són catalitzades per l'estabilització d'un carbanió comú en l'estat de transició. Totes les reaccions catalitzades per PLP impliquen almenys una etapa de protonació o desprotonació del carboni Ca l'aminoàcid o del carboni C4 'del PLP . És més, la protonació de l'intermedi carbaniònic és la cruïlla que uneix totes les possibles reaccions i determina els productes finals. Ja que l'estudi experimental de la acidesa d'àtoms de carboni presenta moltes dificultats, en aquest treball s'han proposat diverses estratègies computacionals per a la determinació precisa de p*K*a , obtenint una metodologia que proporciona p*K*as amb incerteses equivalents a les experimentals per als àcids de carboni. Aquesta metodologia es va aplicar amb èxit a la predicció de p*K*as d'altres grups funcionals i també es va adaptar al càlcul de constants d' estabilitat de complexos metàl·lics. Les energies d'activació de les reaccions de protonació i desprotonació de Ca catalitzades per diversos residus enzimàtics van ser calculades per tal d'obtenir una visió general de la seva cinètica en enzims PLP-dependents. Finalment, es realitzar simulacions de metadinàmica QM i QM / MM sobre la descarboxilació d'ornitina catalitzada per PLP en l'enzim Ornitina descarboxilasa, en dissolució i en fase gas. Els resultats obtinguts configuren una visió general de com els enzims PLP -dependents controlen l'especificitat de la reacció desitjada afavorint estats de protonació específics del cofactor PLP.

Fecha del evento: 18/02/2014

Fecha de publicación: Mon Feb 10 14:08:00 CET 2014